En el Parque se han reportado unas 260 especies de mamíferos. Entre estas especies se encuentran el chigüiro (Hydrochoerus hydrochaeris), la lapa o boruga de sabana y montaña (Cuniculus paca y C. taczanowskii), el picure, guatín o cotiara (Dasyprocta fuliginosa), el tintín (Myoprocta acouchy), el curí (Cavia porcellus), las dantas de paramo y de selva (Tapirus pinchaque y T. terrestris),el cafuche, zaino o puerco de monte (Tayassu pecari y T. tajacu), el venado cola blanca (Odocoileus virginianus), el soche gris o venado lobero (Mazama gouazoubira), el venado colorado o soche colorado (Manzama rufina), el tigre mariposo (Panthera onca), el puma (Puma concolor), el tigrillo (Leopardus wiedii), la oncilla (Leopardus tigrinus), y el tigrillo o cunaguaro (Leopardus pardalis), el Jaguarundí (Puma yagouaroundi), la nutria (Lontra longicaudis), el armadillo, gurre o cachicamo sabanero y montañero (Dasypus septemcinctus y D. Kapleri y D. novemcinctus), el perro de monte (Potos flavus), el Ulama (Eira barbara), el zorro cangrejero (Cerdocyon thous), el erizo (Coendou prehensiles), el cuzumbo (Nasua nasua), las chuchas (Didelphis marsupialis ), y la ardilla (Sciurus granatensis).y el oso de anteojos (Tremarctos ornatus).