Llevado a un laboratorio en Roma, fue obligado por el doctor
Warren Vidic a explorar su memoria genética mediante el dispositivo Animus.
Tras revivir los recuerdos del Asesino medieval Altaïr Ibn-La'Ahad, facilitando
la ubicación de varios artefactos de la Primera Civilización, los Frutos del
Edén, Miles huyó de Abstergo con la Asesina encubierta Lucy Stillman.
Stillman reclutó a Miles en los Asesinos y, a salvo en un
Escondite, este recibió entrenamiento mediante el efecto sangrado viviendo los
recuerdos de su ancestro del Renacimiento italiano Ezio Auditore; monitorizado
por Rebecca Crane y Shaun Hastings, Miles adquirió las habilidades de su
antepasado en unas pocas semanas y descubrió que Minerva—un miembro de la
Primera Civilización—le quería advertir de una catástrofe próxima, que
afectaría a todo el mundo. Escondiéndose de los templarios en Villa Auditore,
Desmond regresó al Animus una vez más, esta vez para seguir los recuerdos de
Auditore como mentor, con el objetivo de buscar un Fruto del Edén. Miles terminó
el trabajo el 10 de octubre, al saber que el Fruto se ocultaba bajo el Coliseo
Romano. Cuando Miles y sus colegas hallaron el Fruto, Juno reveló el futuro al
Asesino, diciéndole que Stillman era una traidora que planeaba secuestrarle y
llevar el Fruto a Abstergo, por lo que decidió asesinarla. Tras hacerlo, cayó
en coma.