A divergência entre progressistas e regressistas, juntamente com as péssimas condições de vida de boa parte da população, desencadearam rebeliões em várias províncias no país. De modo geral, as províncias se rebelavam contra o excessivo controle exercido pelo governo central. Algumas tinham caráter separatista. As principais revoltas foram a Cabanagem, a Sabinada, a Balaiada e a guerra dos Farrapos. A maior parte das revoltas foram sufocadas pelas forças do governo, com exceção da guerra dos Farrapos.