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Su historia ha sido el fiel reflejo de los cambios políticos del país. Fundada en la época del radicalismo liberal decimonónico, su propósito era promover la libre difusión de ideas y el progreso material y espiritual de la Nación. Con el triunfo de los regeneradores, en 1885, la universidad, al igual que el resto del país, se convirtió en bastión de las ideas conservadoras.
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Fundada en 1580, fue la primera institución universitaria establecida en el Nuevo Reino de Granada.
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nacieron entre los años 1580 y 1768 cuando la iglesia tenia un control total sobre la educación
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Tiene sus raíces en el Real Colegio de San Francisco, fundado en 1803
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la tercera universidad creada en el territorio de la Nueva Granada.
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l origen de la que se conocería en los tiempos coloniales como universidad y academia de San Francisco Javier, suspendida en 1767 y restablecida en 1930 con el nombre de:
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Los orígenes provienen del Real Colegio Seminario San Francisco de Asís de Popayán, fundado en el siglo XVII