El primero de estos conflictos fue la breve guerra de Eslovenia tras la declaración de independencia de la Federación el 25 de junio de 1991. El gobierno federal ordenó al Ejército Popular Yugoslavo asegurar los pasos fronterizos de Eslovenia. La policía eslovena y la Defensa Territorial bloquearon los cuarteles y las carreteras, lo cual limitó las escaramuzas alrededor de la república. La guerra fue breve debido a que el ejército yugoslavo (JNA) dominado por los serbios no quiso malgastar recursos en esta campaña ya que se estaba preparando para la Guerra Croata de Independencia, donde Serbia sí tenía reivindicaciones territoriales en Croacia, a diferencia de Eslovenia que era considerada "étnicamente homogénea" y por lo tanto sin interés para los nacionalistas serbios. Tras días de enfrentamientos, se puso fin al conflicto mediante la negociación en Brioni, el 9 de julio de 1991, cuando Eslovenia y Croacia, acordaron una moratoria de tres meses sobre la secesión. El ejército yugoslavo se retiró por completo de Eslovenia el 26 de octubre de 1991.