Los arahuacos taínos fueron una oleada de indígenas procedentes del área de lo que ahora es Venezuela, que a lo largo de los siglos fueron poblando las distintas islas del arco antillano. Cuando los taínos llegaron al Caribe, éste ya estaba habitado por otros pueblos como los igneris y los más antiguos aún arcaicos. El nombre taíno significa "bueno o noble" en arahuaco.
Algunos historiadores piensan erróneamente que esta etnia indígena desapareció tras la llegada de los españoles, pero recientes investigaciones realizadas por el Dr. J.C. Martínez Cruzado basadas en el ADN mitocondrial, heredado únicamente por el lado materno, demuestran que aproximadamente el 53% de una muestra de 38 estudiantes de la Universidad de Puerto Rico, Recinto de Mayaguez, poseían ADN mitocondrial indígena.
El Dr. Martínez Cruzado admite en su publicación que tal muestra no es representativa de la población de Puerto Rico. El estudio también indica que aún no existen estudios de ADN del cromosoma Y "heredado únicamente por el lado paterno" que indiquen la proporción de ADN indígena existente en la población; pero que es razonable suponer que los resultados sean similares a los de estudios realizados en países como Colombia y Brasil, donde el porcentaje de ADN mitocondrial (o materno) es principalmente indígena, mientras que el porcentaje de ADN del cromosoma Y (o paterno) es principalmente europeo.
Cuando los primeros navegantes españoles llegaron a las islas del Caribe, los taínos estaban en plena lucha con una etnia rival, los Caribes, que ya habían conquistado las Antillas Menores. En ese entonces la sociedad taína se dividía en unos cinco reinos controlados por caciques, a quienes se les pagaba tributo. Fray Bartolomé de las Casas en su libro "historia general de los indios" relata que en el año de 1508 quedaban unos 60.000 taínos en isla de La Española . Para 1531 la explotación y las enfermedades habían reducido el número a 600.