En una mitocondria, es la parte constituida por un fluido gelatinoso que contiene iones, agua, ARN mitocondrial, muchas enzimas, ATP, ADP, ribosomas y ADN bicatenario; que producen sus propias proteínas, así como metabolitos. En esta tienen lugar múltiples reacciones vitales para la célula, como la beta oxidación de ácidos grasos o el Ciclo de Krebs, que causa la metabolización de los nutrientes para la generación de energía.